Et voilà!! Je voulais écrire sur ce blog pendant ce relativement long séjour aux Etats-Unis et je ne parviens à la faire que la veille de mon départ, c’est symbolique mais c’est déjà ça et ça révèle surtout l’intensité du tempo!!! Je pense que ça faisait également trop longtemps que je n’avais rien écrit sur ce blog, dans cette phase avancée de ma thèse où la pression commence à monter sérieusement! Je viens donc de passer presque trop semaines de l’autre côté de l’Atlantique en commençant par la Californie où je rendais visite à une amie et en terminant par Iowa city où j’assistais toute cette fin de semaine au congrès de la SMBE. Ce voyage a été placé sous le signe de l’écologie, tout d’abord puisque j’avais favorisé cette formule longue par un souci de rentabiliser au maximum le coût énergétique du voyage, ensuite parce que j’ai découvert une attention inattendue mais aussi une approche parfois surprenante aux problèmes environnementaux ici, enfin, parce que j’ai abondemment discuté avec Hervé Philippe de la question du rapport de la science avec préservation de la biodiversité pendant ce congrès, ce dont je reparlerai plus abondemment plus tard.Et pour finir je viens de voir à l’instant que la liste de Dany Europe Ecologie avait fait un score presque équivalent à celui du PS aujourd’hui même, aux Européennes, ce qui fait plaisir!!! Cela montre comme je l’ai toujours pensé qu’il existe un véritable soutient pour un véritable courant d’écologie politique, même après toutes ces années d’instrumentation de la préservation de l’environnement!
En Californie, j’ai découvert une communauté animée d’une volonté farouche de promouvoir un retour à un mode de vie plus en phase avec la nature. Ce courant réside surtout dans la promotion d’un mode de vie, avec en particulier le refus des moeurs alimentaires américaines et la mise en place d’un réseau de transports alternatifs (vélos, trains, etc – photo la gare de Davis, CA). Cette démarche est un peu surprenante quand on est habitué au débat idéologique avant tout, une tendance certes très française, mais se révèle d’une redoutable efficacité, dans dans une ville comme Davis, CA, elle a complètement transformé le paysage urbains, vélos partout, nombreux magasins et échoppes organic. Cette démarche louable et l’énergie remarquable déployée à son profit ne paraît pas remettre en cause directement les bases fondamentales de la société états-uniennes basée sur un fois inébranlable dans le progrès et la réussite. Sur le long terme, un tel changement de perspective pourrait pourtant ouvrir une brèche et promouvoir un rapport différents aux choses du quotidiens qui sont d’une certaine manière la base de notre rapport à monde naturel!
Un nouveau journal va naître en 2009 ende la génomique évolutive, Genome Biology & Evolution par la Society for Molecular Biology & Evolution. Il vient compléter Molecular Biology & Evolution qui a été fondé en 1983 (ça ne rajeunit pas) et tient une place majeure dans la biologie évolutive. D’après le commentaire du site, cette création a été suscitée par le désir exprimé par les membres de la SMBE de disposer d’une nouvelle opportunité de publication en ligne, davantage centrée sur la génomique comparative et répondant au critères du modèle Open Access. Il faut en effet convenir que les revues de génomiques traditionnelles comme Genome Research ou Genome Biology ne sont pas centrées sur les études évolutives, même si elles publient de tels articles en nombre. Mais on peut aussi s’interroger sur la manière dont la répartition des papiers s’effectuera entre MBE et GBE puisque dans quelques années, bien peu d’article de phylogénie ou de génétique évolutives ne seront pas basés sur des analyses génomiques approfondies ?
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A l’heure où notre président pointe du doigt la médiocrité chronique de la recherche française en des termes particulièrement crispants, je prêche pour ma paroisse en évoquant le rang dans le classement mondial d’un domaine souffrant d’un sous financement chronique, la biologie de l’évolution. Une note publiée dans LabTimes rend compte des performance mondiale en termes de publication pour la biologie de l’évolution entre et place la France au 3ème rang mondial dans le domaine avec 55 130 publications, derrière l’Angleterre (79 852) et les Etats-Unis (291 615), avec un taux de citationde 16,3 citations par articles, tout à fait respectable (14 pour les US). Plusieurs auteurs appartiennent à la liste des 30 plus cités, comme Manolo Gouy à Lyon ou Pierre Taberlet à Grenoble ou Anders Pape Møller à Paris et de la même façon, le papier de Stéphane Guidon & Olivier Gascuel introduisant le programme PhyML est le 5ème plus cité du domaine avec 1 118 citations…
Ces résultats plus qu’honorable étant obtenus avec des financements extrêmement réduit puisque la seule opportunité est bien souvent une ANR blanche qui retient généralement 4 à 5 projets par an. Les autres doivent se débrouiller avec les dotations de bases ou bien utiliser des projets alimentaires plus appliqués pour remplir les caisses!! C’est bien toute l’ambiguïté de la politique française de recherche qui transparaît à travers cet exemple puisque les politiques souhaiteraient d’un côté diriger d’une main de fer le travail des chercheurs vers des projets appliqués censés avoir un intérêt social ou économique à court terme, ce qui revient à spolier les disciplines fondementales et de l’autre ces mêmes politiques reprochent une baisse de niveau et de quantité des publications, préjudiciable dans les grands classements internationaux comme celui de Shangaï, alors même que ce sont les disciplines fondamentales, comme la biologie de l’évolution, qui suscitent le plus de publications, en particulier dans les revues prestigieuses.
L’existence d’une pensée est marche est le rempart le plus ferme contre l’intolérance et l’obscurantisme. L’évolution est sans doute l’un des points d’achoppement les plus tendus avec les intégrismes, comme en atteste la récente offensive créationiste en France qui pourrait sonner comme une alarme pour soutenir la recherche dans notre domaine.
Cette machine infernale tiendra-t-elle ces promesses? Récemment acquise à grand frais et malgré sa programmation un peu compliquée (mais certes plutôt flexible), elle semble pour le moment remplir son rôle assez convenablement, si ce n’est que la chute brutale des températures, en même temps que la neige à Marseille (13° dans les pièces, tout de même) a provoquée le gel d’un des tampon dans un des compartiments réfrigéré (mais pas thermostaté). Reste que les programmes de séquençage devront suivre pour ce genre d’appareillage qui ont permis avec succès d’établir les profils d’expression de quasiments tous les gènes exprimés chez la Cione ou le Zebrafish en passant tous les clones de banques normalisées… A la louche 5000 gènes à expression régulée * 4 stages / 60 puits par run = 330 runs, soit environ 2 ans de boulot à raison de 2 runs du robot par semaine… Tout un programme !!!
L’herbier a l’air bien morne en cette saison hivernale
Après une période faste, il y a quelques années, les temps ne sont plus tant que ça au séquençage des génomes d’invertébrés marins. Exception à la règle, le CSP2009 du JGI inclut un nouvel annélide, le troisième après Capitella capitata et Helobdella robusta, la sangsue, il s’agit de Paralvinella sulfincola qui vit dans des conditions infernales de température et de pression, près des sources hydrothermales des dorsales océaniques. Ce polychète de la famille des alvinellidés qui comprend également le vers de pompéi, Alvinella pompejana (en 3D ici) est capable de supporter des températures très élevées, ce qui lui permet de se nourrir en filtrant les bactérie extrêmophiles qui se développent dans les émanations des sources chaudes. Des expériences en conditions contrôlées (Girguis & Lee, 2006) ont permis de montrer que la température de vie idéale de Paralvinella était de 40 à 50° et qu’il pouvait supporter jusqu’à 60°, ce qui fait de cet organisme l’animal le plus résistant à la chaleur sur la terre. Le séquençage de son génome proposés par Peter Girguis (Harvard) et Stéphane Houdez (Roscoff) devrait permettre dans les années qui viennent de percer à jour les bases moléculaire de cette adaptation à des conditions extrêmes. Par exemple, les Heat shock proteins (HSPs) permettent aux cellules de supporter des conditions stressantes car elles maintiennent une conformation correcte des autres protéines que la chaleur tend à dénaturer. D’autres mécanismes de ce type permettent certainement à Paralvinella de supporter des condition de vie si particulières.
J’en profite pour rendre hommade à Lucien Laubier, océanographe biologique et ancien directeur du Centre d’Océanologie de Marseille qui abrite mon laboratoire à la Station Marine d’Endoume, qui est décédé brusquement en juin dernier. En préparant ce post, je me suis en effet aperçu qu’il était à l’origine de la description de la famille des Alvinellidés en 1986 et de l’espèce Paralvinella sulfincola en 1993. J’avais eu quelques très discussion très enrichissantes avec ce grand naturaliste, notamment sur les rhabdopleures du coralligène et les avancées de l’ère génomique de doivent pas nous faire oublier notre dette à l’égard de cette génération d’explorateur qui ont façonné notre vision de la diversité du vivant.
Références
TUNNICLIFFE V, DESBRUYERES D, JOLLIVET D, LAUBIER L. Systematic and ecological characteristic of Paralvinella sulfincola Desbruyères and Laubier, a new polychaet (family Alvinellidae) from northeast Pacific hydrothermal vents. Canadian journal of zoology, vol. 71; 1993. p. 286-297
DESBRUYERES D, LAUBIER L. Les Alvinellidae, une famille nouvelle d’annélides polychètes inféodés aux sources hydrothermales sous-marines : systématique, biologie et écologie. Canadian journal of zoology, vol. 64, n° 10+; 1986. p. 2227-2245
Pour tenter de remettre à flot ce blog qui a pas mal pris l’eau ces derniers temps (hum…), je voulais juste poster un magnifique film du développement de l’oursin des sables Clypeaster subdepressus, parfois appelé ’sand dollar’ en raison de sa ressemblance avec la pièce en question. Les échinodermes ont un plan d’organisation unique au sein des animaux bilatériens, puisque justement ils perdent cette bilatéralité pour développer une symétrie pentaradiée à l’âge adulte. Cette transition entre symétrie bilatérale et axiale s’opère lors de la métamorphose de la larve pluteus dont le plan d’organisation est plus classique et cette étape est magnifiquement illustrée par ce petit film où l’on voit admirablement le rudiment, la nouvelle partie à symétrie axiale se mettre en place et englober le reste de la larve (dont les restes donnent le squelettes extra-axial selon la théorie EAT). Je ne peux m’empêcher de noter que cette transition morphologique donne lieu à l’expression de nombreux gènes du développements, en particulier les Hox, dans des domaines dont l’interprétation a été largement débattue, puisqu’ils peuvent être considéré soit comme des co-options liés à la mise en place d’un place d’organisation dérivé ou bien comme des indices d’homologies entre ce plan d’organisation des échinodermes et celui des autres bilatériens.
Mais laissons la place à Clypeaster subdepressus pour ce film extrait du travail de master de Bruno Vellutini:
J’ai récemment découvert avec un vif intérêt le culte du cargo au fil de mes lectures diverses. Cet ensemble de croyances s’est développé dans des sociétés tribales, notamment mélanésiennes, mises soudainement en contact avec une technologie avancées, en particulier lorsque l’armée américaine s’installa sur de nombreux îles du Pacifiques, amenant en grande quantité des biens de consommation. Ce culte a pu être considéré comme une réaction de défense: les objets techniques et le bien être qu’ils assurent sont perçus comme des dons en provenance de divinité ou d’ancêtre de leur propre culture et non pas comme le produit de la civilisation des hommes blancs, réduits au rôle de passeurs, voire même de voleurs de l’héritage des ancêtres !
Mais cette étrange mythologie m’a cependant fait fortement penser une hypothèse tenace quant à l’origine de la vie, celle de la panspermie qui lui attribue une origine extérieure à la terre. Cette hypothèse très ancienne a été récemment mis au goût du jour récemment, par Fred Hoyle, l’inventeur de la théorie du big bang ou Francis Crick co-découvreur de la structure de l’ADN. Une assez forte analogie existe à mon sens entre ces deux problèmes: dans les deux cas, comment expliquer l’origine de systèmes – technique ou biologique – trop complexe pour être appréhender directement ? Le fait d’attribuer l’origines de ces systèmes à un ailleurs, qu’il soit mythologie (les ancêtres) ou spatio-temporel (long long ago in a galaxy far far away), revient à nier notre capacité d’investigation au profit d’une incertitude rassurante. La science se distingue du mythe, non pas forcément par son contenu, mais par ses méthodes: seuls les faits susceptibles d’être appréhendés par l’expérience peuvent être évalués. Et renvoyer la vie à une origine extra-terrestre revient typiquement à abandonner tout espoir immédiat de percer son secret, ce qui serait bien décevant !
Parfois on marche sans savoir où le chemin que l’on est en train d’emprunter nous mène, cette sensation peut être grisante mais l’angoisse point parfois et immobilise forcément un peu ! Comme l’atteste mon long silence, c’est la sensation qui a prédominé ces derniers temps… Pourtant, le mail que je reçu d’Enro cet été à propos de l’association C@fé des sciences et encore plus récemment la pique qui m’a été adressé par ce Why blog? m’ont poussé à essayer de rebondir.
Pourquoi continuer ce blog: sans doute parce qu’il me permet surtout d’évoquer des sujets que je n’ai pas forcément l’occasion de discuter dans ma vie scientifique, de faire des parallèles un peu plus osés, de retrouver un type d’écriture beaucoup plus spontané que celui auquel les publications scientifiques nous astreignent. Mais la raison majeure et l’engagement initial était de faire connaître l’évolution comme une science vivante et non comme une sorte de pendant biologique à la gravitation universelle de Newton, un beau paragraphe de l’histoire des sciences qui n’a plus grand chose à voir avec la recherche d’aujourd’hui.
Je profite donc de cet interlude pour réaffirmer mon credo: discuter des trouvailles bibliographiques mais aussi tenter d’investir le terrain de l’essai pour faire le lien entre évolution, société et préjugés. Enfin, proposer quelques coups de projecteurs sur des choses qui me tiennent à coeur dans le domaine d’internet et de la recherche en général et de son contexte français qui s’annonce de plus en plus confus !
Beaucoup de mal à écrire quelque chose sur ce blog depuis mon retour de Suède, à Kristineberg, pour le cours EMBO Molecular approaches to Evolution and Development qui m’éloigna temporairement de la réalité marseillaise. L’objectif majeur de ce cours était de présenter un certain nombre de modèles parfois non-conventionnels et les techniques mises au point chez ces organismes, comme les injections. Certains modèles étaient plutôt classiques comme l’oursin mais d’autres, comme la Parhyale, un petit crustacé amphipode, ont fait l’objet d’un développement extrêmement rapide. Le travail sur la Parhylae a commencé en 2001 mais de nombreuses méthodes ont déjà été mise au point comme la transgenèse stable par insertion de l’élément transposable minos. Ce type d’accélération laisse songeur sur le futur du questionnement évolutif en l’évodévo puisqu’elle porte en elle à la fois le risque du fractionnement des objets d’études et de la perte d’une vision globale et a contrario elle offre l’opportunité de tester de manière beaucoup plus rigoureuse et approfondis des scenarii évolutifs sur l’ensemble de ces modèles.
Bref, ce cours fut une expérience enrichissante et variée, avec par exemple un petit voyage paléontologique dans les couches du cambrien, éprouvant mais exitant. Un petit tour en images sur flickr…
